生物信息学程序开发员
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在这里,我们定义未来。我们是一家创新者、思考者、创造者、探险家、志愿者和梦想家的公司。但我们都有一个共同目标:负责任和安全地改善世界。
NASA GeneLab正在寻找一名生物信息学程序开发员,该开发员具有从微生物群落中处理大规模'组学数据(例如引物测序、宏基因组学、宏转录组学等)的丰富经验,包括长读长序列数据和短读长序列数据。
开发员将支持数据处理团队开发、维护和运行用于处理来自太空生物学实验的序列数据和其他组学数据类型的标准流程和工作流程。理想的候选人将具有在高性能计算集群上开发、安装和运行生物信息学软件和工作流程的经验,并支持太空生物学界处理相关的数据处理问题。
基本职责
• 使用各种生物信息学软件和统计方法处理和分析生物数据。
• 设计、开发和维护用于处理生物信息学数据的各种流程,包括(但不限于)引物、宏基因组和宏转录组测序数据,以及甲基和亚硫酸盐测序和蛋白质组学数据(如GC/MS数据)。
• 使用开源工作流软件(如nextflow、snakemake)设计和开发数据处理工作流程。
• 创建、维护和更新脚本,自动验证和验证从处理流程的每个步骤生成的数据。
• 在GitHub平台上创建、维护和更新流程和工作流程文档。
• 支持用户关于分析流程、工具安装和处理数据的问题。
• 编写技术文件并进行培训。
• 创建和记录所有操作、实践、程序和流程,并创建故障排除文档和标准操作规程。
• 执行其他职责,协助特殊项目和安装工作。
所需的教育/经验
• 计算机科学、生物信息学、统计学、微生物学、遗传学或相关领域的学士学位,以及5年以上相关经验;或硕士学位并具有3年以上相关经验;或博士学位并具有2年以上相关经验。
所需的技能/培训
• 精通生物信息学的编程和工作流语言(R、bash、python、snakemake和nextflow)和Linux操作系统。
• 熟练掌握基础组学数据结构、算法和统计方法。
• 熟练掌握用于微生物群落和各种模型生物的生物信息学工具和数据库资源的使用。
• 在处理和分析引物、宏基因组和宏转录组测序数据以及表观基因组学数据(甲基和亚硫酸盐测序数据)方面具有相关工作经验,包括短读长和长读长数据。
• 熟悉软件开发的最佳实践和DevOps周期中的各个阶段,包括版本控制(如GitHub)、测试框架、持续集成/持续部署(如GitHub、Action、Jenkins)、工作流管理器(如snakemake和nextflow)、监控和协作。
• 在应用适当的数据科学技术(如统计分析和建模、机器学习、预测和验证框架)分析各种生物数据(如微生物、动物、植物内、NGS)方面有丰富经验强烈希望。
• 具有使用和配置亚马逊网络服务(AWS)和基于云的系统的经验或熟悉。
• 能够在快节奏的环境中独立工作。
• 必须具备组织、多任务处理和优先级管理的能力。
• 能够有效沟通,并具有出色的团队合作能力。
• 灵活支持任务优先级。
• 注重细节和执行力。
期望的教育、经验、技能或培训
• 在生命科学数据分析中常用的统计和统计模型和算法方面具有扎实的背景和经验。
• 在处理和分析变异调用、GWAS、蛋白质组学和代谢组学数据方面具有相关工作经验。
• 太空生物学研究经验
• 安装、配置和维护高性能计算工具的经验
• 使用计算集群作业管理工具(如Slurm)的经验
薪资范围:13.4万美元 - 15.1万美元(此薪资范围仅适用于加利福尼亚州山景城地区)
Kbr福利
KBR为员工提供广泛的福利;我们提供医疗、处方药、牙科、视力、意外死亡和残疾福利、退休401k、旅行福利、带薪休假、假期、灵活工作时间、产假、军事休假、教育援助等等!我们还通过专业培训和发展支持职业发展。
KBR的包容和多样性
在KBR,我们对我们的员工、可持续发展和我们的零伤害文化充满激情。这些都是我们所做的一切,并且是我们致力于成为一个更具包容性和多样化的公司的核心。这种承诺是我们团队合作哲学的核心,并在跨文化和地理位置之间促进了真正的协作环境。我们个体的差异和观点为我们的团队带来了更大的价值,并帮助我们为最具挑战性的问题开发解决方案。我们理解通过接纳这些差异并共同努力,我们更具创新性、更具韧性和更安全。
KBR是一家平等就业机会雇主。所有合格的申请人将获得平等的就业机会,不受种族、肤色、宗教、残疾、性别、性取向、性别认同或表达、年龄、国籍、退伍军人身份、遗传信息、工会身份和/或信仰或联邦、州或地方法律保护的其他特征的限制。